Bij het injecteren van vuile monsters blijft een hoeveelheid niet- of slecht elueerbare bestanddelen achter aan het begin van de kolom. Naarmate de verontreiniging toeneemt verslechtert de chromatografie. Pieken vervormen en het scheidend vermogen van de kolom neemt af. Soms worden componenten volledig geadsorbeerd. Het plaatsen van een voorkolom biedt een aantal voordelen.